No se conoce la causa por la que se produce esta enfermedad. Sin embargo, en los últimos años se está avanzando en el conocimiento de los mecanismos que desencadenan el proceso y en el/los posibles agentes responsables.
Se conoce desde hace tiempo que la espondilitis anquilosante afecta con mayor frecuencia a las personas que presentan en sus células una señal específica.
Esta señal se transmite por herencia genética y se denomina “antígeno HLA B27”. El hecho de la transmisión genética de esta marca explica por qué la espondilitis anquilosante aparece con más frecuencia en determinadas razas y dentro de éstas en determinadas familias. La posesión del antígeno HLA-B27 parece causar una respuesta anormal de la persona a la acción de determinados gérmenes. Probablemente la conjunción de estos dos factores desencadene la enfermedad.